Elles sont altérées ou détruites par :

• la déprise agricole (abandon de certaines parcelles qui ne sont donc pas entretenues),
• l’intensification des pratiques de culture (céréales, sylviculture)
• la pollution
• l’eutrophisation (enrichissement en éléments du milieu : azote, phosphore,…) qui conduit à la fermeture du milieu par développement excessif de la végétation,
• divers aménagements (infrastructures, imperméabilisations, remblaiements, drainage, recalibrage et creusement des cours d’eau,…).

67% des zones humides métropolitaines ont disparues entre 1900 et 2000. En 1999, les zones humides ne couvraient plus qu’environ 1,6 millions d’hectares, soit moins de 3 % du territoire et leur régression se poursuit au rythme d’environ 10 000 hectares par an (source office national de la chasse et de la faune sauvage).

Au début des années 90, une prise de conscience générale incite à une plus grande reconnaissance de ces milieux.